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“存疑有利于被告”原则，在司法实务中经常被援用，且有滥用倾向。原因是对该原则的认识产生偏差。因此，有必要对该原则的含义及其有限性问题进行探究，以便于准确掌握和适用该原则。
所谓“存疑有利于被告”原则，是指据以定罪量刑的事实存在疑问，应当不予认定。该原则是疑罪从无、无罪推定的扩展，是把疑罪从无、无罪推定的机理运用到所有犯罪以及量刑事实的认定领域。
包括重罪事实存疑，则对重罪事实不予认定；多起犯罪中部分犯罪事实存疑，则对该部分事实不予认定；从重情节事实存疑，则对该情节不予认定等。
运用“存疑有利于被告”原则，必须注意该原则并不是普遍适用的原则。其适用受到限制，具体表现为：
（1）法律之疑不适用“存疑有利于被告”原则。法律适用上的争议比较常见。对于法律之疑的解决，应当遵循法律解释方法、法律解释规则处理。如果遇到法律争议，就做有利于被告人的解释，那么将破坏法律的统一性，动摇法治的根基。
（2）只适用于对被告人不利的事实，不适用于对被告人有利的事实。无罪推定的原理是指控被告人犯罪的事实都需要控方证明，如果不能提供确实充分的证据，就要推定被告人无罪。基此，对所有不利于被告人的存疑事实，都应该予以排除。
但是，如果对有利于被告人的事实，适用“存疑有利于被告”原则，那么，在逻辑上则是把有利于被告人的存疑事实推定为存在，这违背了证明的基本规则。如在死无对证的案件中，被告人把案件起因上的责任都推给了死者，但不能得到证明。
这种情况下，如果按“存疑有利于被告”原则进行认定，那么等于对被告人供述的存疑事实给予了认定。因此，对于有利于被告人的事实，不能适用“存疑有利于被告”原则。
（3）在共同犯罪中，对其中的部分犯罪事实查不清具体是哪个被告人所为，不适用“存疑有利于被告”原则。如两个被告人都推脱是对方动手杀人，自己只是从旁帮助了一下，具体是谁实施杀人查不清。这种情况应该对二被告人在整个犯罪过程中的地位、作用进行判断，从犯意提出，犯罪工具准备，选择作案对象、时间、地点，获利分赃等情况，判断哪个被告人的作用更大，然后按照主犯应对其所参与的或者组织的全部犯罪定罪处罚。
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